Im Mittelalter beherrschte die Kirche das gesamte geistige Leben. Klosterschulen wurden gegründet. Auf die Verbindung von Kirche und Schule verweist der Name Stephaneum, der vom Namen des heiligen Stephanus abgeleitet ist. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts war das aufstrebende Bürgertum mit dieser Schulform nicht mehr zufrieden. Man verlangte nach Einfluss bei der Verwaltung und Gestaltung des Schulwesens. Es gab Streit zwischen der Vorsteherin des Klosters und dem Rat der Stadt. Der Streit wurde durch einen Vergleich beendet. Doch der Einfluss der Kirche blieb. Lehrer und Schüler mussten sich weiterhin an kirchlichen Veranstaltungen beteiligen. Durch den Humanismus und der Reformation gab es eine Wende im Schulwesen. 1513 wurde eine neue Schule errichtet, das heutige "alte Stephaneum" am Kirchhof. Der Rat von Aschersieben erwarb 1526 den Besitz des Nonnenklosters und war nun zuständig für das Schulwesen. Der 30jährige Krieg und die auftretenden Seuchen ließen die Schule veröden. Die reichen Bürger der Stadt stifteten Stipendien für arme Schüler. 1744 wurde das alte Gebäude abgerissen. Einen größeren Neubau an der Ecke des Stephanikirchhofes weihte man 1745 ein. Im Jahre 1836 fand die Umwandlung in eine höhere Bürgerschule statt. Diese Schule bot aber wenig Gelegenheit in höhere Berufe einzutreten. Die Umgestaltung zu einer vollständigen Realschule erfolgte erst im Jahre 1851. Im Jahre 1852 wurde sie dann zum Realgymnasium. Das Gebäude des "alten Stephaneums" hatte ausgedient. 1875 zog das Stephaneum in das Gebäude, das es noch heute bewohnt. Man baute eine eigene Turnhalle. Nach verschiedenen weiteren Versuchen wurde das Stephaneum im Jahre 1911 ein Reformrealgymnasium. Dies erwies sich als die geeignetste Schulart für eine Mittelstadt. 1913 gewann die Einrichtung durch einen Erweiterungsbau ihre heutige Gestalt. 1971 wurde das Hauptgebäude rekonstruiert und ein Jahr später die Turnhalle. Die Schulreform der DDR brachte die zwölfklassige Einheitsschule. Die erweiterte Oberschule war eine Verbindung zwischen Oberschule und Hochschule. Das Stephaneum wurde umbenannt in "Erweiterte Oberschule Thomas Müntzer". Die Bildungspolitik war eine reine sozialistische Einheitsbildung. Doch mit der Wiedervereinigung Deutschlands gab es gründliche Veränderungen. Es galt ein erneuertes Gymnasium mit freiem, humanistischem Geist aufzubauen und die bedeutsame Tradition fortzusetzen. Heute trägt die Schule wieder den Namen "Stephaneum".